¿Por qué Vegeta odia la Fusión?

Es porque Vegeta tiene una mente más compleja que la de Goku. El segundo es más simple e impulsivo y el deseo de luchar contra un enemigo fuerte es una prioridad, mientras que a Vegeta le importa ser el mejor, por sus propios medios y también quería volver a ver a Bulma como él mismo no fusionado, por eso opta en fusionarse.

En realidad, en Z Vegeta admitió que Goku siempre será más fuerte que él, por lo que entrena solo para poder ser lo más fuerte que él mismo, puede ser y no tener todo su mundo girando en torno a Goku. Entonces, Vegeta en GT es más fiel al desarrollo de su personaje que en super, que básicamente borró todo el desarrollo del personaje que ocurrió en la saga buu.

En otros términos:

Vegeta no le gusta fusionarse porque prefiere ganar usando su propio poder. Fusión es básicamente decir que no era lo suficientemente fuerte.